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simples , mate as 2 moscas e vai procura algo de util p faze
vc pode usar primeiro uma chave de identificação de insetos, nesse trabalho tem uma chave muito boa para a mosca domestica (Musca domestica)
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0085-56262002000200001
Com essa chave voce pode comparar as duas moscas e ver se são da mesma especie.
Comparando o material genetico vc também descobre se elas são diferentes, afinal todo ser vivo, possui material genetico.
Teria que pegar essas duas moscas,de preferencia vivas e levar para algum laboratório especializado para serem examinadas,o difícil vai ser você conseguir que algum cientista esteja disposto a examinar as moscas!