o que é alelo dominante e alelo recessivo em termos moleculares?

Em termos moleculares a interação entre genes é mais complexa do que indica a genética mendeliana. Na verdade, a própria definição de gene tem dificuldades em ser estendida à escala do DNA, o que gera muitas complicações de nomenclatura.

Tomando gene como um segmento codificante de DNA, um dos mecanismos que gere a relação entre alelo recessivo e dominante pode ser entendido como a interação entre um gene funcional (o alelo dominante) e seu mutante não-codificante (o alelo recessivo). Na presença de ao menos uma cópia funcional, certas proteínas serão produzidas e certas rotas metabólicas serão ativadas, na ausência essas rotas não serão. Existem outros mecanismos propostos que se afastam cada vez mais da genética clássica ao propor termos como “dominância incompleta”, mas omitirei visto que isso foge do escopo de sua pergunta.

Lembre-se, a genética de Mendel, nada mais é que uma aproximação de fenômenos ditados por mecanismos moleculares. Fenômenos moleculares quase nunca (ou nunca) são tão binários (baseados somente em dois extremos), logo a genética “verdadeira” apresenta muito mais nuances que o modelo de Mendel pode explicar.

alelo dominate é que expressa tanto nos individuos homozigoticos(AA) como nos heterozigoticos(Aa)
alelo recessivo:carcaterísticas expressas no fenótipo só quando existem dois alelos para essa característica nos loci do mesmo gene, caso contrário o efeito desse alelo não é visível, excepto no caso das fêmeas com mutações ligadas ao sexo.(aa recessivo)