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Olha geralmente se usa corantes que diferenciam essas estruturas tornando as mais fácil de visualização!
Existem corantes que só coram o citoplasma,outros que só coram o núcleo e outros que só coram os vacuolos, tornando o trabalho de identificação de estruturas bastantes fácill. Em relação a parede celular, ela é bem fácill de se visualizar pois é um envoltório grosso que dá pra ver direitinho em um corte longitudinal por exemplo!