Um cidadão italiano que comete um homicídio a bordo de um navio de guerra brasileiro, ancorado em porto alemão?

O artigo 5º do Código penal responde a sua pergunta:

Art. 5º – Aplica-se a lei brasileira, sem prejuízo de convenções, tratados e regras de direito internacional, ao crime cometido no território nacional. (Redação dada pela Lei nº 7.209, de 1984)

§ 1º – Para os efeitos penais, consideram-se como extensão do território nacional as embarcações e aeronaves brasileiras, de natureza pública ou a serviço do governo brasileiro onde quer que se encontrem, bem como as aeronaves e as embarcações brasileiras, mercantes ou de propriedade privada, que se achem, respectivamente, no espaço aéreo correspondente ou em alto-mar. (Redação dada pela Lei nº 7.209, de 1984)

§ 2º – É também aplicável a lei brasileira aos crimes praticados a bordo de aeronaves ou embarcações estrangeiras de propriedade privada, achando-se aquelas em pouso no território nacional ou em vôo no espaço aéreo correspondente, e estas em porto ou mar territorial do Brasil.(Redação dada pela Lei nº 7.209, de 1984).

Assim, como o navio militar é público, o crime teria sido cometido em território brasileiro, logo se aplicando as normas brasileiras.

Veja o navio é brasileiro, portanto é considerado extensão de território brasileiro independente de onde esteja ancorado. O Homicida é italiano e comete o crime a bordo do navio brasileiro, então responderá o crime baseado em leis brasileiras e esta sujeita as penas brasileiras.
Não tenho amparo legal nisto que estou falando, más acho que mais ou menos assim.

Abraços